Filogenia
Uma vez que o genoma em estudo continha inúmeros genes sem função definida, procedeu-se à análise filogenética entre estes genes e um conjunto de genes homólogos. É de salientar que os genes com função definida foram obtidos através da base de dados SwissProt. Para a realização desta análise utilizou-se o software MEGA e obtiveram-se árvores filogénicas referentes aos genes de função desconhecida. Quanto maior a proximidade filogénica maior a probabilidade de os genes comparados partilharem a mesma função. Primeiramente foram convertidos para versão FASTA os genes de função conhecida e os genes de função desconhecida, recolhidos através da base de dados do NCBI. Uma vez que para a zona do genoma estudada muitos dos genes não tinham função definida apenas foram analisados 5 genes.
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Proteínas com semelhança evolutiva: Glucose-6-phosphate isomerase e tRNA(Ile)-lysidine syntha
Prováveis funções associadas: catalytic activity. Ligates lysine onto the cytidine present at position 34 of the AUA codon-specific tRNA(Ile) that contains the anticodon CAU, in an ATP-dependent manner. Cytidine is converted to lysidine, thus changing the amino acid specificity of the tRNA from methionine to isoleucine
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Proteínas com semelhança evolutiva: L-threonine 3-dehydrogenase , Alanine racemase, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase e 10 kDa chaperonin
Prováveis funções associadas: ATP binding, 1-carboxyvinyltransferase activity, cell cycle, cell wall organization, peptidoglycan biosynthetic process, regulation of cell shape, UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process, alanine racemase activity.
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Proteínas com semelhança evolutiva: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase.
Prováveis funções associadas: 1-carboxyvinyltransferase activity, cell cycle, cell wall organization, peptidoglycan biosynthetic process, regulation of cell shape, UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process.
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Proteínas com semelhança evolutiva: Indole-3-glycerol phosphate synthase.
Prováveis funções associadas: indole-3-glycerol-phosphate synthase activity, tryptophan biosynthetic process, aminoacyl-tRNA editing activity. valine-tRNA ligase activity. valyl-tRNA aminoacylation
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Proteínas com semelhança evolutiva: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit.
Prováveis funções associadas: exodeoxyribonuclease VII activity, nucleic acid binding.